上班族拓也患严重失眠，每晚都在东京街头游荡。某天凌晨，他在便利店门口看到一只帝企鹅，正用嘴投币买一瓶芬达。拓也跟踪企鹅，发现它住在一栋废弃公寓里，冰箱里塞满了饮料。拓也将此事匿名发到网上，深夜中的“企鹅猎人”组织迅速壮大，有人想保护它，有人想抓它卖钱。东京的夜行者们——流浪汉、夜班护士、漫画家、小偷——在寻找企鹅的过程中彼此结识，互相温暖。最终他们发现企鹅是一只从海洋馆逃出的老企鹅，它只是想看看外面的雪。众人合力将它送回南极的模拟环境，而拓也也终于能够安然入睡了。
凌晨三点，失眠症患者发现一只企鹅在自动售货机前买饮料，随后整个东京的夜行者们都开始寻找这只企鹅。
温柔得让人想哭。把都市孤独感具象化成一只不合时宜的企鹅，群像配角个个有光。
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